A gestão dos projetos do CERTI Amazônia é realizada por meio do Escritório de Projetos (PMO), que implementa procedimentos e ferramentas para o efetivo gerenciamento das atividades, controle de cronograma e orçamento. São utilizadas as boas práticas do PMBOK e o método ágil SCRUM. Esta experiência propiciou ao ICA atuar localmente em treinamentos na área de Gestão de Projetos. Estes cursos são caracterizados por uma carga horária de 40hs, das quais 20hs em laboratório do ICA e 20hs em consultoria nas empresas. Este processo possibilita o compartilhamento de experiências na gestão colaborativa de projetos, envolvendo os alunos na execução de todas as fases de um projeto, visando uma tomada de decisão rápida e precisa pelo mesmo em ambiente controlado (laboratório) e real (processo da empresa).